一、入口不同
從入口這一項來看，微信小程序是要優于支付寶小程序的。微信小程序和支付寶小程序進入的路徑是一樣長的，都需要進行兩次操作，但是兩者所處的位置不一樣，因此會造成流量的差異。微信小程序位于朋友圈的下面，用戶在看朋友圈的時候，就很容易注意到下面的小程序。支付寶的小程序位于朋友的那個頁面，但是一般打開支付寶開始看到的是首頁，而且朋友這個頁面一般都是進行轉賬，用戶很不容易注意到小程序。
二、功能差別
微信小程序畢竟比支付寶小程序出現的時間早，它的功能更加成熟和齊全，涉及的行業也更廣。而支付寶小程序的功能種類較少，涉及的服務還不太全，所以在這點上支付寶的用戶體驗要略遜一籌。
三、生態差別
微信和支付寶的用戶數量都很多，但是兩者的性質完全不同。微信主要是一個社交、聊天的軟件，同時還具有支付的功能，所以用戶粘性強，使用時長較長。而支付寶主要的就是一個支付軟件，一般只會在進行支付的時候才會打開它，所以它的流量導入比不上微信小程序。